矿床地球化学国家重点实验室是一个在长期研究实践中自然形成的完整实体。总体定位是，面向国际前沿和国家重大需求，研究成矿元素在各种地质作用下活化、迁移和富集形成矿床的过程，揭示不同地球动力学条件下成矿元素富集形成矿床的规律，创建成矿作用新理论和找矿勘查新方法，为矿产资源的寻找和利用提供科学依据。实验室是在中国科学院矿床地球化学重点实验室的基础上建立起来的。2006年8月通过专家论证，经科技部批准实验室进入建设阶段。2009年8月实验室通过了由科技部组织的专家组验收。实验室现任学术委员会主任为中国地质大学李曙光院士，实验室主任为胡瑞忠院士。实验室主持获得了我国矿产资源领域唯一的国家自然科学奖一等奖和4项国家自然科学奖二等奖，是我国不可替代的矿床地球化学研究基地和相关高层次人才的培养摇篮。

根据实验室的已有工作基础、矿床地球化学的发展趋势和国家战略需求，矿床地球化学国家重点实验室以矿床地球化学研究为主线，具体研究方向包括四个方面：（1）重要成矿区带和特色成矿系统成矿作用。主要包括大面积低温成矿作用、地幔柱成矿作用、陆内成矿作用和特提斯构造域成矿作用等；（2）成矿作用的理论和实验模拟。主要包括理论和实验模拟不同条件下元素的活动规律，开拓成矿作用示踪的元素-同位素示踪新理论和新方法；（3）重要矿产成矿预测理论和方法。主要开展与深部隐伏矿床成矿预测有关的基础地质地球化学问题以及深部矿化信息地球化学和地球物理提取技术研究，建立成矿-找矿新模型。 针对核心科学问题，实验室以矿床地球化学研究为主线，重点研究区是峨眉山大火成岩省、西南大面积低温成矿域、西南特提斯成矿域，兼顾了环太平洋成矿域、古亚洲成矿域和“一带一路”矿产资源的研究，体现了实验室立足所在区域（我国西南地区）的工作，同时面向全国和全球其它重要成矿区带的研究特色。

实近五年来，实验室在成矿作用示踪体系，陆内成矿作用、地幔柱成矿作用、大规模低温成矿作用、关键金属成矿作用、矿产资源找矿预测的研究中取得重要进展。主持国家重点研发计划2项、国家基金委重大计划1项、国家基金创新群体项目1项、国家基金杰出青年项目3项、国家基金重点项目9项、国家基金优秀青年项目3项。获得国家自然科学二等奖1项、省部级科技成果一等奖2项、中国科学院科技促进发展奖1项。在地学主流期刊发文量与国际体量相当实验室相当或略有超越，在矿床学国际顶级期刊EG发文量全国第一。

实验室采取切实可行的措施，加强队伍建设和人才培养，取得了显著成效。现有固定人员106人，包括中国科学院院士1人，国家杰出青年基金获得者5人，国家海外高层次人才引进计划4人，优青3人，海外优青1人，百千万人才工程国家级人选2人，中组部万人计划1人，中组部万人计划青年拔尖人才2人、中青年科技创新领军人才1人，海外杰出人才引进计划入选者13人，中科院青年创新促进会会员10人，博士学位获得者90人。其中（教授级高工）43人、副研究员（高工）41人，是一支在国内外具有重要学术竞争力的研究团队。

实验室已基本建成元素和同位素组成测定系统、同位素定年系统、矿物微区结构形貌和组成观测系统、成矿实验和计算模拟系统等成矿学领域国际一流的4大研究平台。为承担国家重大科技任务和开展矿床地球化学原创性研究提供了有力支撑。

实验室高度重视国内外学术交流与合作。2010年以来，实验室与全球多家矿床学地球化学一流机构建立了密切合作关系。通过这些合作，实验室研制的硒和钼同位素参考物质作为推荐同位素标准被国际权威学术机构采用；在国内率先建立了流体包裹体的激光剥蚀微区原位分析技术用于成矿过程的精细刻画；创新了陆内成矿和岩浆矿床元素超常富集成矿理论，揭示了东南亚巨型锡矿带的成矿时序，发展了全球成矿学的理论体系。